El Archivo MAPA contiene un acervo documental llamado Fondo MAPA, constituido por soportes, tales como: textos documentales en papel, fotografías (positivos fotográficos, negativos, diapositivas), soportes audiovisuales y sonoros.
El Fondo MAPA cuenta con 3.000 documentos inventariados relativos a la historia del MAPA y a la gestión de sus distintos directores, principalmente del periodo de Tomás Lago y Oreste Plath (1944-1973), y el periodo de dictadura, albergando correspondencia y oficios institucionales que muestran la gestión y la vinculación del Museo con especialistas de distintos países, documentos sobre la organización y puesta en marcha de la Mesa de Arte Popular Chileno de 1959 o al trabajo de campo realizado en Quinchamalí como parte de la cátedra de Teoría del Arte Popular Americano, el año 1956, entre muchos otros que refieren a la realización de exposiciones, además de la circulación o donación de piezas en diferentes contextos.
Asimismo, el Fondo MAPA alberga soportes fotográficos (papel positivo, negativo y diapositivas), el cual contiene miles de fotografías de especial relevancia para el estudio del arte popular. Las imágenes rescatan fiestas, danzas y paisajes que fueron captadas por investigadores y fotográfos de la institución y externos, algunos de ellos con gran reconocimiento a nivel latinoamericano, además de otorgar gran importancia a artistas populares y su producción. También se encuentran imágenes de viajes de estudio que realizaron Tomás Lago y Oreste Plath, así como fotos de exposiciones históricas del MAPA y exposiciones de otros museos relevantes con la temática del arte popular y etnografía.
Por último, y en un volumen mucho menor, se cuenta con soportes audiovisuales y sonoros, con películas y grabaciones en cinta con temáticas similares a las descritas anteriormente.